Una piedra preciosa perfecta debería tener absolutamente uniforme su red cristalina y estar libre de materiales extraños, no considerando como tales los elementos cromóforos que le proporcionan su característico color. Sin embargo esta situación es excepcional, siendo lo más habitual que muestre alguna imperfección o que en su interior aprisione materiales ajenos a la composición de la gema. En ambos casos se les denomina inclusiones.
Las inclusiones han sido consideradas tradicionalmente como “defectos” de la piedra, lo que evoca una cualificación peyorativa que no siempre es cierta. Así es que las inclusiones, a modo de carta de naturaleza, aportan gran cantidad de información acerca de la formación y lugar de origen de la gema y en no pocas ocasiones sirven para distinguirlas de las imitaciones.
Estas inclusiones son mayoritariamente de origen mineral, aunque son frecuentes las de origen orgánico, como el caso más evidente del ámbar, o mixtas. Sin embargo, como consecuencia de un proceso de cristalización no uniforme, pueden aparecer discontinuidades en la estructura cristalina que aunque no sean verdaderas inclusiones, en sentido estricto, son consideradas como tales. Otro tanto sucede cuando existen oquedades rellenas de algún líquido o gas, que reciben en nombre de bifásicas si ambos estan presentes, o trifásicas si también contiene otros cristales en su interior (son frecuentes y conocidas las de la turmalina, el cuarzo y la esmeralda).
A veces las inclusiones aparecen como consecuencia de haberse sometido a presiones y esfuerzos mecánicos los cristales ya formados, apareciendo grietas o fisuras que a menudo se vuelven a rellenar por recristalización del propio material o de otro (dendritas), pero que dejan una clara huella en la piedra, produciendo cambios de coloración y con frecuencia merman la resistencia mecánica de la misma. Estas inclusiones, de forma irregular, suelen recibir nombres específicos según aquella: banderas, velos, plumas, dactilares, etc.
Las inclusiones son también responsables de la belleza de algunas piedras al generar en las mismas efectos lumínicos, como el ojo de gato, el asterismo, etc. Las más conocidas son las agujas de rutilo frecuentemente presentes en las variedades del corindón, cuarzo y feldespatos con resultados a menudo espectaculares.